明洪武二十四年(1391年),明蜀献王朱椿主张“君臣宜一体”,废弃惠陵旁的武侯祠,重修汉昭烈庙,将诸葛亮的塑像塑入汉昭烈庙内,实现“一祠同祀君臣”的格局。此后,武侯祠这一名称不再专指纪念诸葛亮的祠堂,而是将惠陵、汉昭烈庙等区域囊括进来,统称“武侯祠”。清康熙十至十一年(1671~1672年),四川按察使宋可发主持重建武侯祠,形成了前(刘备殿)后(诸葛亮殿)两殿并立,前殿如朝廷礼、后殿如家庭礼的君臣合祀格局,直到今日。
成都武侯祠由惠陵、汉昭烈庙、武侯祠、三义庙组成的三国历史遗迹区,川军抗战将领刘湘陵园为主体的西区和体现川西民风民俗的锦里民俗区三大部分组成,占地面积约15万平方米,是全国唯一一座纪念刘备、诸葛亮、关羽、张飞等蜀汉英雄的君臣合祀祠庙,也是全世界影响最大的三国遗迹博物馆。1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位,1984年成立成都武侯祠博物馆,2008年被评为国家一级博物馆,2016年被国家文物局授牌“全国三国文化研究中心”。